Zespół klasztorny znajduje się przy ul. Benedyktyńskiej, na wzgórzu św. Mikołaja. W jego skład wchodzi 9 zabytkowych obiektów: kościół pw. św. Mikołaja i św. Stanisława Biskupa, dawny budynek klasztorny, mury obronne z basztami, budynek bramny, dom kapelanów, dom gościnny (zwany „domem dewotek”), dawny internat żeński, budynek przy bramie oraz mur oporowy przy ul. Podgórze. Najstarsze obiekty (kościół i klasztor) pochodzą z XVII wieku, najmłodsze (internat i budynek przy bramie) z wieku XIX.

Fundatorką kościoła pw. św. Mikołaja i św. Stanisława biskupa oraz klasztoru była księżna Anna Ostrogska. Obiekty te miały służyć sprowadzonym przez nią z Chełmna benedyktynkom. Kościół powstał w latach 1615-1624, miał zastąpić dawny drewniany kościół św. Mikołaja. Murowany budynek klasztorny wzniesiono w latach 1642-1648. Również w XVII wieku kompleks otoczono murami obronnymi długości 840 metrów z ośmioma basztami. Największą z nich jest Baszta Fruktowa, zwana także Basztą Morską w której mieściła się pierwotnie armata. Benedyktynki zajmowały się kompleksem do 1782 roku, kiedy to na mocy tzw. „kasaty józefińskiej” (będącej skutkiem „reform józefińskich”) przejęli go Austriacy. Na jego terenie zlokalizowana została komisja mundurowa- „c. k. komisyi ekonomiczney woyskowey pod herbem cesarskim”, co dało początek miejscowej nazwie zwyczajowej klasztoru- Anna Casarnia (koszary Anny). Austriacy dobudowali niezrealizowane wcześniej trzecie skrzydło klasztoru, wznieśli ciąg budynków przymurnych i stajnie oraz przebudowali kładkę łączącą Opactwo z położoną w pobliżu Kolegiatą Bożego Ciała. Większość tych budynków została poważnie uszkodzona w czasie I wojny światowej i rozebrana w okresie międzywojennym, jako nie stanowiące oryginalnej części obiektu. Najdłużej przetrwała kładka, zlikwidowana dopiero w okresie PRL.

Podczas II wojny światowej obiekt znalazł się w rękach nazistów, którzy urządzili w nim więzienie. Po wojnie rozpoczęto powolną odbudowę znajdujących się na terenie opactwa budynków - ich stan określano wtedy jako tragiczny. Przez pewien czas działała tutaj miejscowa Szkoła Budowlana, która zaadaptowała dawny budynek klasztorny na internat oraz wzniosła kilka dodatkowych obiektów w pobliżu Baszty Bramnej.

 Ostatecznie do opactwa powróciły benedyktynki, które nie były jednak w stanie samodzielnie zarządzać zaniedbanym kompleksem. Dlatego przekazały go Archidiecezji Przemyskiej i od 1994 roku zarządzając jedynie jego częścią. Dawny klasztor jest obecnie siedzibą organizacji pożytku społecznego: Ośrodka Kultury i Formacji Chrześcijańskiej. W tym piętrowym budynku w kształcie litery „L” mają miejsce różnego rodzaju wydarzenia kulturalne, część jego sal i korytarzy pełni funkcję wystawienniczą. Ponadto mieści się w nim 50 osobowa sala spotkań, jadalnia i kawiarenka. Uwagę turystów zwraca tzw. Czarna Kaplica, której sklepienie stopiło się podczas wywołanego przez wycofujących się z miasta nazistów pożaru. Klasztor przylega do kościoła pw. św. Mikołaja i św. Stanisława Biskupa - świątyni jednonawowej z dwiema kaplicami i dwiema wieżami. Główne wejście do niej zdobi bogato rzeźbiony renesansowy portal, podobno dzieło Jana Pfistera – uważany za jeden z najpiękniejszych zabytków Jarosławia.